國標法測菌群總數是以檢樣中的細菌細胞和營養瓊脂混合后，每個細菌細胞都能形成一個可見的單獨菌落的假定為基礎的。由于檢驗中采用37℃于有氧條件下培養(空氣中含氧約20％)，因而并不能測出每g或ml檢樣中實際的總活菌數，厭氧菌、微嗜氧菌和冷營菌在此條件下不生長，有特殊營養要求的一些細菌也受到了限制，因此所得結果，只包括一群能在普通營養瓊脂中發育、嗜中溫的、需氧和兼性厭氧的細菌菌落的總數。國標法檢測應注意以下問題：
1、菌落總數檢測所用器皿及稀釋液
檢驗中所用玻璃器皿，如培養皿，吸管、試管等必須是*滅菌的，并在滅菌前*洗滌干凈，不得殘留有抑菌物質。
用作樣品稀釋的液體，每批都要有空白對照。如果在瓊脂對照平板上出現幾個菌落時，要追加對照平板，以判定是空白稀釋液，用于傾注平皿的培養基，還是平皿吸管或空氣可能存在的污染。
檢樣的稀釋液雖可用滅菌鹽水或蒸餾水，但以用磷酸緩沖鹽水特別是0.1％蛋白胨水為合適，因蛋白胨水對細菌細胞有更好的保護作用，不會因為在稀釋過程中而使食品檢樣中原已受損傷的細菌細胞導致死亡。如果對含鹽量較高的食品(如醬品等)進行稀釋，則需采用蒸餾水。
2、樣品稀釋
檢樣稀釋時,無菌稱取(或量取)有代表性的樣品25g(或ml)剪碎放于含有225ml滅菌稀釋液的玻璃瓶內(瓶內預置適當數量的玻璃珠)，經充分振搖作成1:10的稀釋液。制備10倍系列稀釋的樣品勻液時，每一步都應該搖勻試管或反復吹吸，使菌體能夠盡量分散均勻。如系肉、魚等固體樣品，剪細于滅菌乳缽內與稀釋液研勻，或與稀釋液同置于滅菌均質器杯中，以8000-10000rpm速度攪拌1分鐘，使做成均勻的1：10稀釋液。對于像食醋或酸性飲料等酸度較高的樣品，如果直接用原樣液來檢測菌落總數，結果會偏低甚至為0，只有嚴格按標準要求先用滅菌的20-30%碳酸鈉溶液將其PH值調至中性后方可準確檢測出菌落總數[3]。
根據食品衛生標準要求或對標本污染情況的估計，將上述1：10的檢樣稀釋液再做成幾個適當的10倍遞增稀釋液。即取1：10稀釋液1ml與9ml稀釋液混和做成1:100的稀釋液，然后依次遞增稀釋，做成1：1000、1：10000等稀釋液。注意每遞增稀釋一次，必須另換1支1ml滅菌吸管，這樣所得檢樣的稀釋倍數方為準確。
從吸管筒內取出滅菌吸管時，不要將吸管碰著其他仍留在容器內的吸管的外露部分;；而且吸管在進出裝有稀釋液的玻璃瓶和試管時，也不要觸及瓶口及試管口的外側部分；因為這些部分都可能接觸過手或其他沾污物。
在作10倍遞增稀釋中，吸管插入檢樣稀釋液內不能低于液面2.5cm；吸入液體時，應先高于吸管刻度，然后提起吸管離開液面，將貼于玻璃瓶或試管的內壁使吸。管內液體調至所要求的刻度，這樣取樣較準確，而且在吸管從稀釋液內取出時不會有多余的液體粘附于管外。
當用吸管將檢樣稀釋液加至另一裝有9mL空白稀釋液的試管內時，應小心沿管壁加入，不要觸及管內稀釋液，以防吸管外側部分粘附的檢液也混入其中。
3、平板接種與培養
將稀釋液加至滅菌平皿內時，應根據食品衛生標準要求或對標本污染情況的估計，選擇2—3個適宜稀釋度，分別在作1O倍遞增稀釋的同時，即以吸取該稀釋度的吸管移lml稀釋液加入皿內(從皿側加入，不要揭去皿蓋)，后將吸管直立使液體流畢，并在皿底干燥處再擦一下吸管尖將余液排出，而不要吹出。每個稀釋度應作2個平皿。
培養溫度，應根據食品種類而定。肉、乳、蛋類食品用37℃培養，水產品用30℃培養。培養時間為48±2h。其他食品，如清涼飲料，調味品，糖果、糕點．果脯，酒類(主要為發酵酒)、豆制品和醬腌萊均系用37℃24±2h培養。培養溫度和時間之所以有這種不同的區分，是因為在制定這些食品衛生標準中關于菌落總數的規定時，分別采用了不同的溫度和培養時間所取得的數據之故。水產品因來自淡水或海水，水底溫度較低，因而制定水產品細菌方面的衛生標準時，系用30℃作為培養的溫度。
4、菌落計數
在進行菌落計數時，有一些樣品的殘渣會在視覺上與菌落混淆，因此，在進行計數時應該仔細分辨。菌落的形狀相對規則，比較有光澤度，更飽滿，而樣品的殘渣比較不規則，沒有菌落的飽滿度和光澤度。另外，還可向培養基中添加一定濃度的TTC，可以使菌落成紅色，便于觀測和計數，但TTC的濃度不宜過高，否則會抑制菌落的生長[4]。
從溫箱內取出平皿進行菌落計數時，應先分別觀察同一稀釋度的兩個平皿和不同稀釋度的幾個平皿內平板上菌落生長情況。平行試驗的2個平板與菌落數應該接近，不同稀釋度的幾個平板上菌落數則應與檢樣稀釋倍數成反比，即檢樣稀釋倍數越大，菌落數越低，稀釋倍數越小，菌落數越高。
5、菌落計數所得結果，可分別按以下幾種不同情況作報告。
若1個稀釋度的平均菌落數在30—300之間，則將該菌落數乘其稀釋倍數報告之。
若有兩個稀釋度，其生長的菌落數均在30—300之間，則視二者之比如何來決定。若其比值小于2，應報告其平均數。
若所有稀釋度的平均菌落數均大于300，則應按稀釋度的平均菌落數乘以稀釋倍數報告之。
若所有稀釋度的平均菌落數均小于30，則應按稀釋度的平均菌落數乘以稀釋倍數報告之。
